生後5ヵ月ごろから、立位でわきを支えると自分でジャンプをすることが好きで、好きなだけ相手をしていました。ところが最近、肩のあたりがぽきぽきと音がするようになってしまいました。医者に診せた方がいいでしょうか？

関節を急に動かしたりすると、腕や肩の関節が、体の動きとともに「ぽきぽき」と音がすることがあります。
指の関節などではよくみられる現象です。痛がる様子がなければ、特に心配ではありません。
関節がぽきぽき音がするのは関節が擦れて音が出ると言われていますが、詳しいことはわかっていません。
どの程度の音がするのか一度小児科あるいは整形外科で診てもらってもいいかもしれません。

いずれにしても、体をもって、ジャンプをさせたこととは関係はなさそうです。しかし、生後５ヶ月の赤ちゃんにジャンプさせるのは少し無理があります。お座りができてからの方が良いでしょう。体をジャンプさせるときは、頭を強く振ることがないように気をつけてください。