身長約100ｃｍ、体重18ｋｇですが、たまにひざが痛いと言って泣くことがあります。

ご相談のお子さんの年齢では、夜寝ているときに、足の痛みを訴えて泣き出すことがよく見られます。
昔から「成長痛」とも言われています。原因はよくわかっていませんが、昼間の運動で足の骨に負担がかかったからとか、夜寝ているときに骨が成長するので、「骨膜（骨の外側を覆う線維性の膜）が引っ張られて痛みを感じる」とか、昼間の運動が激しくて起る「足の筋肉の痛み」などのいろいろな説があります。
お子さんの場合は昼間活発に運動しているので膝の関節に一時的に負担がかかったのかもしれません。いつの間にか自然に訴えなくなることが多いので、特に昼間の運動を制限することもありません。

しかし、昼間も痛がるとか、歩き方がいつもと違っておかしいというようであれば、骨や筋肉の病気も考えなくてはなりませんので、一度小児科を受診してみた方がよいでしょう。