生まれたときからおちんちんが小さく、5ｍｍくらいでした。さわると表面に出ていないだけで中にはあるようです。

おちんちんの大きさを測るのは結構難しいものです。
どこからどこまでを測れば良いのかも、小さな子どもの場合は奥のほうに隠れていることが多く難しいものです。また、そのときの外気温やお風呂に入った前後など状況によっても異なります。小さいと思ってもほとんどの場合、正常であることが多いものです。
ご相談によると勃起した状態で3cmくらいになるようですので、特に心配はなさそうです。

陰嚢（いんのう）や睾丸（こうがん）の様子はいかがですか。一見して女性の性器のようであれば、内分泌系の病気の可能性もありますので、一度小児科の医師に診せてください。