おもちゃの磁石を飲み込んでしまいましたが、いまだに便と一緒に出てきません。病院に行った方がいいのでしょうか？

飲み込んだかもしれないときから12日もたっているということですが、磁石は胃や腸で消化されるものではありませんので、大きさにもよりますが飲み込んでいれば便に出てしまっていると思われます。
しかし、確実に飲み込んでいて、まだ便に出ていないとすると腸のどこかにとどまっていることになります。

磁石ですので消化液で溶けて中から有毒な物質が出てくることはありませんが、長期におなかの中にとどまっていることは危険ですので、おなかの中にあるかどうか確かめる必要があります。
それにはおなかのレントゲン写真をとってみることです。おなかに残っていれば確実にわかります。

いずれにしても赤ちゃんが間違って飲み込まないよう、赤ちゃんの手の届く所には飲み込みそうなものを置かないように注意してください。