大豆アレルギーと診断されましたが、大豆入りのベビーフードを食べても症状は出ていません。

「大豆の入ったベビーフードを食べても症状が出ないのに、豆腐を食べさせると症状（湿疹）が出る」ということから推察すると、大豆の入ったベビーフードには含まれておらず、豆腐には含まれている「何か」が症状（湿疹）の原因である可能性が高い、と考えられます。

ひとつの可能性としては、ベビーフードでは大豆を加工する過程で失われる何らかの大豆たんぱくがあり、豆腐の製造過程では失われない大豆たんぱくが原因かもしれません。
たんぱく質は加熱したり水で洗ったりすると、元のたんぱく質が変性したり減ったりしてアレルギー反応を起こさなくなることがあります。大豆の入ったベビーフードでは、豆腐に含まれている大豆たんぱくの一種がなくなっているなら、そのようなこともありえます。

しかし、現時点ではお子さんに大豆アレルギーがあるのかないのか、きちんと診断することが先決です。豆腐にはいろいろな食品添加物が含まれていることが多く、大豆アレルギーがなくても添加物に反応して症状が出る場合もあるからです。

症状が出ない程度に抗原（アレルギーの原因）となる食物を食べさせて徐々に体を慣らして食物アレルギーを克服する治療法は、世界の最先端の大学や専門病院で研究が始まっています。
ただ、自己判断で行うことは危険なのでおすすめできません。いずれにしても、アレルギーの専門医を受診し、本当に大豆アレルギーがあるのかどうかきちんと診断してもらうとよいでしょう。